更新日時：2007年09月23日
| 進行ジャネシス軍：（2話クリア） | |||
| ミッション | MS出現条件 | クリア報酬 | 備考 |
| 海岸の敵を討て！ | 2話クリア | ブロンズバングル | |
| 大型兵器を破壊しろ！ | 上クリア | アイアンバングル | |
| コピー軍団を倒せ！ | 3話クリア | APアップ | サボテンダー出現 |
| デスマシーン破壊作戦 | 上クリア | 体力アップ | |
| デスマシーン隊を叩け！ | 上クリア | ミスリルの小手 | |
| ミッドガル防衛作戦！ | 4話クリア | ミスティール | |
| ジェネシス軍大攻勢！：（5話クリア） | |||
| ミッション | MS出現条件 | クリア報酬 | 備考 |
| スラムの敵を攻撃せよ！ | 5話クリア | 雷の腕輪 | |
| 輸送船を奪回せよ！ | 6話クリア | MPアップ改弐 | |
| 敵の拠点を攻撃せよ！ | 上クリア | 魔法剣ファイア | |
| 攻撃計画を阻止せよ！ | 上クリア | 魔法剣サンダラ | |
| 敵の姿を追いかけろ！ | 8話クリア | 魔よけのおふだ | |
| 荒野の敵を阻止せよ！ | 9話クリア | クリスタルの小手 | |
| 激闘！ジェネシス軍団：（ジェネシス軍大攻勢！ 全クリ） | |||
| ミッション | MS出現条件 | クリア報酬 | 備考 |
| 緊急事態！！ | ジェネシス軍大攻勢！ 全クリ | 銀の腕輪 | |
| 洞窟基地を破壊せよ！ | 上クリア | 魔法剣ファイガ | |
| 奇襲！ミッドガル | 上クリア | アスピガ | |
| 拠点破壊作戦 | 上クリア | ドレイン剣 | 宝：エイジスの腕輪 |
| 決戦！ミッドガル | 上クリア | 回転攻撃・改 | |
| 魔晄施設奪還 | 上クリア | ふきとばし | |
| 進化するジェネシス軍：（激闘！ジェネシス軍団 全クリ） | |||
| ミッション | MS出現条件 | クリア報酬 | 備考 |
| マテリア奪還作戦 | 激闘！ジェネシス軍団 全クリ | 電撃 | |
| 強化コピーの脅威 | 上クリア | 死のジャンプ | |
| 強化コピー軍団 | 上クリア | ミスリルｘ3 | 宝：3連ファイア |
| ミッドガル 再び | 上クリア | フレア | ドロップ：カイザーナックル |
| コピー工場を破壊せよ！ | 上クリア | アダマンタイトｘ3 | |
| 最強コピー登場！ | 上クリア | SPターボ魔法 | |
| 最強コピー軍団を倒せ！：（進化するジェネシス軍 全クリ） | |||
| ミッション | MS出現条件 | クリア報酬 | 備考 |
| コピー軍団を迎撃せよ！ | 進化するジェネシス軍 全クリ | 英雄の薬ｘ3 | 宝：ハンマーパンチ |
| コピー基地を強襲せよ！ | 上クリア | 英雄の薬ｘ2 | 宝：鉄拳パンチ |
| 特殊部隊を殲滅せよ！ | 上クリア | ウォール | |
| コピー軍団を追撃せよ！ | 上クリア | アルテマ | |
| コピー軍団を撃破せよ！ | 上クリア | デブチョコボの羽 | |
| ジェネシス軍団の最後！ | 上クリア | SPターボ攻撃 | 宝：200000G |
